En primer término, los proyectos tienen que ser evaluados por la institución que los presenta al Banco. Esta evaluación debe contemplar la factibilidad técnica y económico-financiera, la adecuación de los recursos comprometidos (humanos, infraestructura y equipamiento, y financiamiento) a los objetivos del proyecto y, en caso de corresponder, los avances en la ejecución.

Además, los proyectos deben contar con la nota de compromiso de adopción firmada por la institución adoptante y con el aval de las instituciones coejecutoras, que serán todas aquellas en las que tengan dependencia los integrantes del equipo.

Al ser presentados al Banco Nacional de PDTS, los proyectos deben atravesar dos instancias: la admisión y la acreditación. En la primera instancia, el equipo técnico del Banco realiza la verificación de los aspectos formales de la presentación (consistencia, completitud y corrección de la información y documentación remitida).

Para llevar adelante el proceso de acreditación, funcionan en el ámbito de la Secretaría de Articulación Científico Tecnológica (SACT) cuatro comisiones correspondientes a las grandes áreas de conocimiento. Cada una está conformada por diez integrantes propuestos por los organismos de ciencia y tecnología, las universidades, la Secretaría de Políticas Universitarias y la SACT. En su conformación se presta especial atención a la diversidad de perfiles y a los equilibrios de género, institucional y federal de los representantes. Las comisiones de acreditación tienen por misión evaluar el cumplimiento de los criterios y recomendar su incorporación al Banco. El trabajo de las comisiones procura garantizar la aplicación homogénea del concepto de PDTS.